Taxonomické systémy
Taxonómia, veda o klasifikácii organizmov, je založená na fylogenéze. Rané taxonomické systémy nemali žiadny teoretický základ; organizmy boli zoskupené podľa zjavnej podobnosti. Od uverejnenia knihy Charlesa Darwina o pôvode druhov prírodnými výbermi v roku 1859 je však taxonómia založená na akceptovaných návrhoch evolučného pôvodu a vzťahov.
Dáta a závery fylogénie jasne ukazujú, že strom života je produktom historického procesu vývoja a že stupne podobnosti v skupinách a medzi skupinami zodpovedajú stupňom vzťahu zostupom od bežných predkov. Plne rozvinutá fylogénia je nevyhnutná pre vypracovanie taxonómie, ktorá odráža prirodzené vzťahy vo svete živých vecí.
Dôkazy o špecifických fylogenézach
Biológovia, ktorí predpokladajú fylogenézy, získavajú najužitočnejšie dôkazy z oblasti paleontológie, porovnávacej anatómie, porovnávacej embryológie a molekulárnej genetiky. Užitočné sú aj štúdie molekulárnej štruktúry génov a geografického rozšírenia flóry a fauny. Fosílne záznamy sa často používajú na stanovenie fylogénie skupín obsahujúcich tvrdé časti tela; Používa sa tiež k dnešnému dátumu divergencie druhov vo fylogenézach, ktoré boli skonštruované na základe molekulárnych dôkazov.
Väčšina údajov použitých pri fylogenetických hodnoteniach pochádza z komparatívnej anatómie a embryológie, aj keď tieto údaje rýchlo prekonávajú systémy skonštruované pomocou molekulárnych údajov. Pri porovnávaní znakov spoločných pre rôzne druhy sa anatómovia snažia rozlišovať medzi homológiami alebo podobnosťami zdedenými od spoločného predka a analógiami alebo podobnosťami, ktoré vznikajú v reakcii na podobné zvyky a životné podmienky.
Biochemické výskumy uskutočňované v druhej polovici 20. a začiatku 21. storočia prispeli k fylogenetickým štúdiám. Počítaním rozdielov v postupnosti jednotiek, ktoré tvoria molekuly bielkovín a molekúl kyseliny deoxyribonukleovej (DNA), výskumníci vymysleli nástroj na meranie stupňa, do akého sa rôzne druhy od vývoja od spoločného predka odchýlili. Pretože mitochondriálna DNA má v porovnaní s jadrovou DNA veľmi vysokú mieru mutácií, bolo užitočné na nadviazanie vzťahov medzi skupinami, ktoré sa nedávno rozchádzali. Aplikácia molekulárnej genetiky v systematike je v zásade podobná použitiu rádioizotopov v geologickom rande: molekuly sa menia rôznymi rýchlosťami, s niektorými, ako je mitochondriálna DNA, sa rýchlo vyvíjajú a iné, ako je ribozomálna RNA, sa vyvíjajú pomaly. Dôležitým predpokladom pri použití molekúl na rekonštrukciu fylogénie je výber vhodného génu pre vek skúmaného taxónu.
