Japonská pravoslávna cirkev, autonómny orgán východnej pravoslávnej cirkvi, v kanonickom vzťahu s moskevským patriarchátom, ktorý potvrdzuje zvolenie metropolitu Tokio. Japonská pravoslávna cirkev bola vytvorená úsilím významného misionára Nikolaja Kasatkina (1836 - 1912), ktorý sa stal prvým pravoslávnym arcibiskupom Japonska a bol svätým svätený v roku 1970.
Od začiatku misie (1872) nebol kostol nikdy závislý od cudzieho misionárskeho personálu. Japonskí kňazi sú vysvätení po školení v seminári v Tokiu a zhromaždenie duchovenstva a laikov má úplnú kontrolu nad záležitosťami cirkvi. Tento pôvodný charakter japonskej pravoslávnosti mu umožnil prežiť niekoľko politických procesov a období izolácie, ako napríklad rusko-japonská vojna a dve svetové vojny. V rokoch 1945 až 1970 bol kostol pod cirkevnou jurisdikciou ruského metropolitanátu Ameriky. V roku 1970 dostal stály autonómny štatút od patriarchátu Moskvy, jeho materského kostola. Pravoslávna katedrála v Tokiu - nazývaná katedrála Nikolaj, pre jej zakladateľa Nikolaj Kasatkin - je jednou z najväčších náboženských budov v hlavnom meste Japonska. Cirkev, ktorá má asi 30 000 členov, má diecézy v Tokiu, Kyōte a Sendai.