V rôznych umeleckých reprezentáciách sa centrálna budova Angkor Wat objavuje na khmerských štátnych vlajkach od 19. storočia, v prvých dňoch francúzskeho protektorátu nad Kambodžou. Prvá vlajka bola červená ohraničená modrou farbou a chrám bol biely. Vlajka bola „modernizovaná“ v roku 1948 prijatím nerovnakých vodorovných pruhov tmavomodrej, červenej a tmavomodrej a chrám bol zmenený tak, aby lepšie zodpovedal originálu. Táto vlajka sa naďalej používala aj po tom, čo sa Kambodža stala nezávislou. Koniec monarchie a vyhlásenie Khmerskej republiky však vyústili do novej vlajky v októbri 1970. „Hlavná vlajka“ sa stala kantónom, zatiaľ čo pole bolo modré s tromi bielymi hviezdami.
Komunistickí povstalci prvýkrát používali vlajku 1948–70, ale k moci prišli v apríli 1975 pod čistou červenou vlajkou. Keď ich Demokratická Kampuchea prijala svoju ústavu v januári 1976, v strede červenej vlajky bola umiestnená trojnážová žltá silueta chrámu, ktorá mala byť nahradená päťvežovým žltým chrámom, keď vietnamské sily vyhlásili Kampuchea za ľudovú republiku. v roku 1979. Rivalské vlády „Kambodžského štátu“ (Khmer Rouge) a „Kambodža“ (Vietnamci) zaviedli pred správou Organizácie Spojených národov ďalšie úpravy vlajok, ktoré preleteli svetlomodrú vlajku s mapou siluety krajiny v strede. OSN pomohla ukončiť občianske konflikty a do roku 1993 ju priviedla k slobodným voľbám. Vlajka z rokov 1948–70 bola znovu vyzdvihnutá 30. júna toho roku.
