Predtým, ako Kosovo vyhlásilo nezávislosť 17. februára 2008, nikdy nemalo politický štatút, ktorý by mu umožňoval vlastnú vlajku. Po druhej svetovej vojne bolo Kosovo začlenené do socialistickej Juhoslávie ako samostatný región (neskôr autonómna provincia) Srbskej republiky. Federálna vláda schválila vlajky iba pre niekoľko juhoslovanských konštituujúcich republík. Avšak etnickým Albáncom žijúcim v Kosove sa nakoniec umožnilo plaviť sa s albánskou vlajkou.
Kosovo zostalo súčasťou Srbska po rozpustení socialistickej Juhoslávie na začiatku 90. rokov, ale separatistické hnutie v provincii získalo v priebehu desaťročí silu. V roku 1998 podniklo Srbsko represívne kroky proti separatistom v Kosove, ktorým v roku 1999 čelila Organizácia Severoatlantickej zmluvy (NATO). Kosovo sa dostalo pod správu OSN, ktorá tam zostala aj po vyhlásení nezávislosti Kosova v roku 2008 až do roku 2009, keď ho vo veľkej miere nahradili úradníci Európskej únie (EÚ). Srbsko a mnoho ďalších krajín zostali proti tomuto vyhláseniu nezávislosti.
Uskutočnila sa formálna súťaž na výber štátnej vlajky pre Kosovo. Mnoho príspevkov bolo založených na návrhu albánskej vlajky, či už priamo alebo nepriamo. Zvolený model - ovplyvnený vlajkou EÚ - vydal jasné vyhlásenie zdôrazňujúce Kosovo ako mnohonárodnostnú krajinu. Na pozadí a siluetu vlajkového štátu EÚ sa použili modré a žlté farby vlajky EÚ a kruh bielych hviezd vlajky EÚ sa rovnobežne s oblúkmi bielych hviezd na kosovskej vlajke. Hviezdy údajne zastupovali šesť prevládajúcich etnických skupín v krajine (Albánci, Bosniaci, Gorani, Rómovia, Srbi a Turci). Obyvatelia etnických Albáncov a Srbov v Kosove však naďalej využívali svoje príslušné národné vlajky.
