V 80. a 90. rokoch sa v Sixtínskej kaplnke uskutočnil dlhý a prepracovaný program reštaurovania sponzorovaný japonskou televíznou spoločnosťou a vykonávaný špičkovými talianskymi a medzinárodnými odborníkmi. Čistenie odstránilo z fresiek storočia špiny, prachu a sviečkového dymu a odhalilo nečakane žiarivé farby, ktoré čiastočne odporujú slávnym sochárskym kvalitám Michelangelovho diela. Od samého začiatku projektu obklopoval prudký spor - zahŕňajúci množstvo reštaurátorov, historikov umenia a odborníkov v príbuzných odboroch. Debata sa sústredila na jednu dôležitú otázku: upravil Michelangelo spôsobom freskových maliarov dňa, keď po zaschnutí omietky upravil svoju hotovú fresku secco (suchou) farbou? (Maliari Fresca to obvykle robili ako prostriedok na opravu chýb, vylepšenia svojich diel a nanášania pigmentov, ktoré nemohli tolerovať kontakt s vodou.) A ak áno, nechali reštaurátori odstránenie každej vrstvy až po omietku sfalšovali umelcove úmysly ? V takom prípade sa zdá, že zatienenie, opravy a lepidlá odstránené reštaurátormi boli výsledkom predchádzajúcich reštaurátorských kampaní. Zatiaľ čo diskusia o obnove Sixtínskej kaplnky sa stále diskutuje, konzervatívci umenia ju už nepovažujú za problém.
