John Cotton (narodený 4. decembra 1585, Derby, Derbyshire, Anglicko - zomrel 23. decembra 1652, Boston, Massachusetts [USA]), vplyvný vodca puritánskej Novej Anglicka, ktorý slúžil hlavne ako „učiteľ“ Prvej cirkvi Boston (1633 - 52) po úteku pred prenasledovaním nekonformistov anglikánskou cirkvou.
V roku 1612 sa vzdelával na Trinity College v Cambridge a stal sa vikárom farského kostola sv. Počas tejto doby sa postupne stal viac puritánskym vo svojom výhľade a pri výkone svojich povinností prestal dodržiavať určité anglikánske náboženské rituály. V roku 1632 proti nemu boli podniknuté právne kroky pre jeho nekonformizmus a v júli 1633 emigroval do kolónie Massachusetts Bay, kde sa stal „učiteľom“ Prvej bostonskej cirkvi a zostal tak až do svojej smrti. Jeho popularita v kolónii bola neobmedzená a jeho vplyv v občianskych aj cirkevných záležitostiach bol pravdepodobne väčší ako vplyv ktoréhokoľvek iného ministra v teokratickej Novej Anglicku.
Cotton napísal niekoľko diel, ktoré predstavujú neoceniteľnú expozíciu kongregacionizmu v Novom Anglicku, vrátane Cesty cirkví Krista v Novej Anglicku (1645) a Cesta Kongregačných cirkví sa vyčistila (1648). Katechizmus, ktorý napísal Milk for Babes, ktorý bol zostavený z prsníkov obidvoch svedectiev (1646), sa v Novej Anglicku používal mnoho rokov na náboženské vyučovanie detí.
