Moldavsko vyhlásilo nezávislosť počas prvej svetovej vojny. V rôznych obdobiach predchádzajúcich storočí bola súčasťou Moldavska, Ruska, Osmanskej ríše a Rumunska a jej symboly pochádzajú z historických a kultúrnych väzieb s Moldavskom a Rumunskom. Vlajkou z decembra 1917 bola tradičná rumunská trikolóra modrej, žltej a červenej v horizontálnom formáte. V strede bola hlava aurochov, zaniknutého európskeho vola. Táto vlajka sa plavila iba krátko, pretože Moldavsko bolo začlenené do Rumunska v apríli 1918. Sovietsky zväz získal Moldavsko v roku 1940 a po nemeckej a rumunskej okupácii v roku 1944 bola Moldavská sovietska socialistická republika obnovená. Jeho výrazná vlajka, prijatá v roku 1952, pridala zelený vodorovný pruh cez stred sovietskeho Červeného praporu. Green bol označovaný za vinárstvo a iné poľnohospodárske činnosti v oblasti.
V roku 1989 bola v Moldavsku silná agitácia proti komunistickej vláde a modro žlto-červená rumunská trikolóra sa stala obľúbeným symbolom. Oficiálne nahradila komunistickú vlajku v máji 1990. Nový erb Moldavska založený na tradičných vzoroch bol pridaný 3. novembra toho istého roku: Na hrudi orla je štít s aurochovou hlavou obklopenou polmesiaca, hviezda a kvetina. Tradičným znakom rumunského územia Valachia je orol, ktorý vo svojich pazúroch drží žezlo a olivovú ratolesť a kríž v zobáku. Červená, modrá a zlatá farba štítu odráža národnú trikolóru. Vlajka zostala oficiálnou po nezávislosti Moldavska v roku 1991.
