Comayagua, mesto západne od Hondurasu, na pravom brehu rieky Humuya v úrodnej doline.
Mesto bolo založené v roku 1537 ako Valladolid de Santa María de Comayagua a slúži ako španielske koloniálne hlavné mesto provincie Honduras. V okrese Tegucigalpa sa používa variácia jeho názvu Comayaguela. Poškodil ho v 19. storočí politické otrasy Hondurasu a súperenie s Tegucigalpom o postavenie národného kapitálu, ale až v roku 1880 bol kapitál nakoniec prevedený na Tegucigalpu. Mesto tiež utrpelo škody niekoľkými zemetraseniami a opakovanými požiarmi.
Medzi koloniálne budovy patrí významná španielska baroková katedrála (1715), štyri kostoly zo 16. storočia a bývalá univerzita - prvá v Strednej Amerike, založená v roku 1632. Comayagua vyrába liečivá, obuv, živice, cementové výrobky a keramiku; je obchodným centrom západného Hondurasu. V meste sa nachádza národné poľnohospodárske centrum. Veľká časť mesta vrátane katedrály a centrálneho parku bola zrekonštruovaná, aby obnovila koloniálnu atmosféru mesta a jedinečné čaro.
Mestom prechádza medzi oceánska diaľnica. Comayagua má tiež letisko, ktoré bolo začiatkom 80. rokov povýšené na vojenskú leteckú základňu. Hneď za Comayagua je Palmerola, hlavná americká vojenská základňa v Hondurase, ktorá je zdieľaná s honduraským letectvom. Pop. (2001) 55 368; (2013) 92,883.
