Ako súčasť dôveryhodného územia tichomorských ostrovov spravovaného Spojenými štátmi (USA), bol Palau pod vlajkami Spojených národov, Spojených štátov amerických a trustového územia. Miestna túžba po samostatnom štáte a vláde sa uskutočnila 1. januára 1981 a pri tejto príležitosti bola vyzdvihnutá vlajka Palauanu. V roku 1979 sa uskutočnila súťaž, ktorej výsledkom bolo vyše tisíc návrhov; ten, ktorý si vybral, bol vytvorený Blau Skebongom a bol schválený novou vládou 22. októbra 1980. Táto vlajka sa dodnes používa.
Zlatý disk predstavuje mesiac, ktorý má zvláštny význam pre kultúru Palauanu. Spln sa tradične považuje za najlepší čas na rybolov, výsadbu a iné činnosti. Hovorí sa, že miestnym ľuďom dáva „pocit tepla, pokoja, mieru, lásky a domácej jednoty“. Pozadie vlajky nie je, ako sa dá očakávať, symbolom Tichého oceánu; Ide skôr o „konečný prechod zahraničnej správy z našej krajiny“. Plnú nezávislosť nedosiahol Palau až v októbri 1994, ale v tom čase sa na vlajke nevykonali žiadne zmeny. Pôvodná vlajka z roku 1981 je zachovaná v múzeu Palau v hlavnom meste Koror. Vlajka Palauanu je v dizajne podobná vlajke Bangladéša, ale obidve majú odlišné farby a symboliku.
