Keď sa Sovieti dostali k moci v západnom Turkestane, sľubujúc rovnosť a rozvoj pre všetky etnické skupiny, Kirgizania získali v roku 1924 svoj vlastný autonómny región. V roku 1926 bol povýšený na štatút samostatnej republiky av roku 1936 sa stal odborom republika v ZSSR V roku 1953 Kirgiz SSR prijal upravenú verziu sovietskeho červeného prúžku pridaním modrého vodorovného pruhu s bielym okrajom cez stred. Po tom, ako Kirgizsko vyhlásilo svoju nezávislosť 31. augusta 1991, pokračovalo v používaní sovietskej vlajky až do 3. marca 1992.
Pozadie novej vlajky, ktorá sa stále používa aj dnes, je tiež červené, ale podľa nej pochádza z vlajky nesenej kirgizským národným hrdinom Manasom Nobleom. V strede vlajky je žlté slnko so 40 lúčmi, ktoré zodpovedá stúpencom Manasa a kmeňom, ktoré zjednotil; jeho ďalšie symbolické atribúty sú svetlo, šľachta a večnosť. Na tom slnku je červeno-žltý znak s dvoma skríženými sadami po troch radoch, všetky v kruhu. Toto je štylizovaný pohľad na strechu tradičného kirgizského domu, jurty. Málo Kirgizcov stále žije v jurtoch, ale až do polovice 20. storočia väčšina týchto kočovných ľudí zakladala jurty kdekoľvek cestovali. Symbolický význam tohto dizajnu je prepracovaný: vlajkový zákon hovorí o pôvode života, jednote času a priestoru, histórii kirgizského ľudu, solidarite, krbu a domov.
