Hypotéza Polychaete, teória, že conodonts (drobné zubovité štruktúry nájdené ako fosílie v morských horninách) sú súčasťou čeľusťového aparátu polychetových červov, triedy annelidných alebo segmentovaných červov. Conodonts sa podobajú čeľustiam (škótcodonts) polychaete červami vo forme, a oni sa nachádzajú v ľavom a pravom páre, rovnako ako scolecodonts. Polychaetové zuby sú známe už od ordovického obdobia (asi pred 505 až 438 miliónmi rokov), ale konodonty majú svoj prvý nesporný výskyt skôr v neskorej kambrianskej epoche (asi pred 523 až 505 miliónmi rokov). Medzi argumenty proti vzťahu conodont - polychaete patrí skutočnosť, že sa scolecodonts časom málo menia, zatiaľ čo conodonts vykazujú veľkú variabilitu a vývoj v priebehu času. Scolecodonts sú zložené z chitínu, odolného, nadržaného materiálu podobného zloženiu nechtov. Conodonts sa však skladajú z fosforečnanu vápenatého, ako v kostroch stavovcov. Niektoré neznáme skupiny polychaetov mohli byť schopné vylučovať štruktúry fosforečnanu vápenatého, ale veľké rozdiely v spôsobe rastu medzi konodontmi a čeľusťami polychete sú presvedčivým argumentom proti hypotéze o polychete.
