Bývalá britská kolónia sa Seychely stala nezávislou 29. júna 1976. Vlajka v tom čase mala striedavé trojuholníky modré a červené, oddelené bielym diagonálnym krížom. Možno nie náhodou bola táto vlajka takmer úplne rovnaká ako vlajka, ktorú používa austrálska spoločnosť United Steam Navigation Company, ktorej lode na začiatku 20. storočia ostrovy pravidelne navštevovali. Vlajka netrvala dlho: revolúcia sa uskutočnila 5. júna 1977 pod vedením Seychelskej ľudovej strany (SPUP). Nová vlajka mala červeno-zelené vodorovné pruhy oddelené zvlneným bielym pruhom, ktorý bol rovnaký ako vlajka SPUP, s výnimkou vynechania žltého slnka v strede.
V roku 1993 viedol tlak zahraničných síl k demokratizácii vlády. Vládnuca strana stratila monopol vo voľbách a účasť ďalších strán vo vláde viedla k dopytu po menej straníckej národnej vlajke. Parlament schválil dizajn zahŕňajúci farby rôznych strán na vlajke, ktorá bola vyzdvihnutá 18. júna 1996. Farby vlajky sú modré (pre oblohu a more), žlté (pre životaschopné slnko), červené (pre ľudia a ich práca pre jednotu a lásku), biela (pre sociálnu spravodlivosť a harmóniu) a zelená (pre krajinu a prírodné prostredie).
