Hoci v Paname boli v 19. storočí súčasťou Kolumbie secesionistické hnutia, panamská vlajka nebola uznaná. V roku 1903, keď kolumbijský senát odmietol navrhovanú zmluvu so Spojenými štátmi americkými, ktorá by zabezpečila výstavbu panamského kanála, Američania pomohli panamskému hnutiu za nezávislosť a vznikla Panamská republika.
Pôvodne bol navrhnutý návrh vlajky, ktorý využíval farby kolumbijskej vlajky. Pozostávala z rovnakých vodorovných pruhov červenej a žltej s modrým kantónom nesúcim dve spojené žlté slnka, ktoré symbolizovali spojenie oboch polovíc planéty budúcim Panamským prieplavom. Dizajn vlajky, ktorý bol nakoniec vybraný, sa stal oficiálnym 4. júla 1904; rozdelil sa štvrťročne dvoma hviezdičkami. Prisúdeným symbolizmom bola striedanie dvoch hlavných politických strán vo vláde (pôvodne červená bola pre liberálov, modrá pre konzervatívcov a biela pre mier medzi nimi), aj keď farby a hviezdy jasne naznačovali vplyv vlajky Spojené štáty. Panamskú vlajku navrhol Manuel E. Amador, syn prvého prezidenta novej republiky.
