Nezávislosť pre Strednú Ameriku bola prvýkrát vyhlásená 15. septembra 1821, ale Mexiko ju utlmilo dva roky. Vlajka novo nezávislých Spojených provincií Strednej Ameriky bola prijatá 21. augusta 1823 a pozostávala z modro-bielo-modrých pruhov s štátnym znakom v strede. Tieto ramená obsahovali v podstate rovnaké konštrukčné prvky, ktoré Nikaragua dnes používa. Aj keď sa päť členských štátov federácie stalo nezávislými krajinami, Nikaragua naďalej zdvíhala starú vlajku. Nakoniec, v roku 1854, bol vybraný nový horizontálny nikaragujský trikolóra žlto-bielo-šarla, ale nelietal dlho. Občianska vojna a zásah severoamerických filibusterov (vojenských dobrodruhov) následne viedli k zavedeniu a rýchlej výmene zástav.
V roku 1908 bola stará vlajka federácie znovu prijatá ako národný prapor Nikaragua s príslušnými úpravami v erbe. Tento základný vzor s ďalšími zmenami v erbe bol opätovne potvrdený zákonom z 27. augusta 1971, hoci červeno-čierna horizontálna dvojfarebnosť hnutia Sandinista bola de facto sekundárnou národnou vlajkou počas rokov panovania Sandinista (1979) -90). Erb na vlajke obsahuje trojuholník pre rovnosť, slobodu obmedzujúci slobodu a päť sopiek medzi dvoma oceánmi, ktoré sú symbolom piatich pôvodných stredoamerických krajín medzi povodiami Atlantického oceánu a Tichého oceánu.
