Tretie nádvorie
Baldachýn Brány Felicity vedie na tretie nádvorie alebo na najvnútornejšie nádvorie, na ktorom sa nachádzalo súkromné sídlo sultána a vnútorná palácová škola. Vstúpiť mohli iba sultán, členovia jeho rodiny, jeho služobníci a príležitostný schválený návštevník. Návštevníci sultána mohli ísť len tak ďaleko, ako publikálna komora, a očakávalo sa od nich, že budú dodržiavať prísne zvyky. Nemohli prísť do očí ani hovoriť priamo s sultánom, ale namiesto toho sklopili hlavy, vrhli oči nadol a hovorili s prekladateľom sultána.
Predtým, ako Murad III. Premiestnil svoje sídlo do háremu v 16. storočí, boli sultánove byty umiestnené na treťom nádvorí v budove, ktorá sa často volala Komora svätých pamiatok. Názov je odvodený od jeho úlohy ako úložiska islamských pamiatok, vrátane plášťa, meča a luku proroka Mohameda, ktoré sa získali, keď Selim I. v roku 1517 dobyl dynastiu Mamlūk v Egypte a odovzdal kalifát Ottomanom.
Na treťom nádvorí sa nachádzajú aj kolá kráľovských stránok, ktoré boli súčasťou hierarchie sluhov sultána. Väčšina stránok bola prijatá ako chlapci z dobývaných kresťanských populácií prostredníctvom systému devşirme, v ktorom boli chlapci odstránení zo svojich rodín ako forma dane alebo pocty. Po získaní nových mien a konverzii na islam dostali najjasnejší chlapci osobitné úlohy a prísne sa vzdelávali a zároveň zarábali mzdy. Nasledovali meritokraciu a mohli dosiahnuť také vysoké posty ako veľkolepý vizier, ale veľa mužov bolo v 25 rokoch oslobodených a vydali sa za dievča z harému alebo za dcéru sultána. V internátoch kráľovských stránok sa teraz nachádzajú časti cisárskych zbierok. Napríklad portréty sultánov sa nachádzajú v internáte súkromnej komory a cisárska skriňa je v internáte bojovníkov. Mnohé z predmetov v oboch zbierkach ukazujú umenie remeselníkov paláca, ako aj zmeny v technikách a móde. Diváci môžu vidieť výrazný posun v šatách v 19. storočí, napríklad skrz šatník a kolekciu portrétov, keď európsky vojenský odev nahradil sultánsky kaftan a fez nahradil turban.
Jednou z najznámejších zbierok paláca je zbierka cisárskych šperkov umiestnená v pavilóne dobyvateľov, tiež na treťom nádvorí. K majetkom patria tzv. Spoonmakerov diamant, jeden z najväčších brúsených diamantov na svete, a smaragdový Topkapı Dagger, ktorý je predmetom intrik v roku 1964, film Cappsona Topkapi. Podobne ako ostatné časti zbierky múzea, svedčí aj zbierka šperkov. k veľkému bohatstvu Osmanskej ríše.
V strede tretieho nádvoria je knižnica Sultána Ahmeda III., Ktorá je bohato zdobená ako mnoho budov paláca s maľovanými dlaždicami, oknami z farebného skla a roletami s perleťovou a slonovinovou vložkou. Zbierka kníh bola v 20. storočí zjednotená s ostatnými palácmi a presťahovala sa do mešity Aghas, ktorá je najväčšou mešitou v paláci a nachádza sa vedľa nej. Zbierka paláca Topkapı obsahuje vzácne rukopisy, ilustrované zväzky a skoré kópie Koránu, z ktorých sa všetci vedci môžu pozrieť v čitárni.
Štvrté nádvorie
Tretie nádvorie sa rozširuje na štvrté nádvorie, ktoré pozostáva predovšetkým z radových záhrad a pavilónov. Je domovom sviežo zdobenej obriezkovej komory, pavilónu Bagdadu a Jerevanského pavilónu. Jednou z najvýraznejších štruktúr štvrtého nádvoria je prekrásny pozlátený bronz Iftar Pergola, kde by sultáni zlomili pôst, ak by v lete padol Ramadán. Mnohí z osmanských sultánov sa zaujímali o kvety a záhradníctvo a záhrady štvrtého nádvoria sú plné tulipánov, tak, ako by to bolo počas osmanskej vlády.
hárem
Hárem bol obytnou časťou rodiny sultána a bol prísne rozdelený podľa pohlavia. V 16. storočí sa stalo sídlom sultána, keď tu Murad III nechal postaviť byty. Rovnako ako zvyšok paláca, hárem bol neustále obnovovaný a rástol podľa potreby. Výsledkom je skôr mazelské rozloženie a veľa štýlov architektúry.
Na vstup alebo výstup z háremu museli obyvatelia prejsť cez spevnené nádvorie čiernych eunuchov k hlavnej bráne, nazývanej tiež Kráľovská brána. Čierni eunuchovia strážili hárem a pravdepodobne boli zakúpení na otrokárskych trhoch v dobytých krajinách a kastrovaní pred pubertou. Podobne ako na kráľovských stránkach, eunuchovia dostávali mzdy a nasledovali meritokraciu, ale na rozdiel od týchto stránok bolo len pár eunuchov oslobodených. Okolo tohto dvora boli ich obytné miestnosti, ako aj Pokladnícka komora a Škola kniežat.
Za hlavnou bránou je spevnené nádvorie kráľovnej matky, najväčšie a centrálne nádvorie háremu. Kráľovná matka bola v centre harému. Volala sa za sultána a bola vrchnou manželkou, ktorej syn vystúpil na trón. Mala tiež významný vplyv na sultána, ktorý sa každé ráno zastavil v jej centrálne umiestnených apartmánoch, aby ju informoval o štátnych záležitostiach.
Sultánove byty boli spojené s matkou kráľovnou prostredníctvom bieleho mramorovaného dvojitého hammamu, tureckého kúpeľa. Jedna strana hammamu bola vyhradená pre sultána a druhá pre ženy z harému. Zvyšok sultánovej rezidencie obsahuje trónnu halu a tri privátne komory. Privy Room Murad III je najstaršou a najzachovalejšou budovou v háreme a navrhol ju jeden z najslávnejších architektov Osmanskej ríše Sinan. Klenutý priestor je komplikovane ozdobený İznikovými dlaždicami a kaligrafiou recitujúcimi verše z Koránu. Ďalšiu privátnu izbu s názvom Ovocná miestnosť pridal Ahmed III. A je necharakteristicky zdobená jemne lakovaným ovocím a kvetmi.
V haréme žili aj sultánovi synovia, dcéry, bratia a sestry a obsadili jednu zo stoviek izieb harému. Napríklad pavilóny Twin boli pravdepodobne obytnými priestormi sultánových synov, ktoré sa začali v 18. storočí.
V háreme boli aj obytné miestnosti pre služkyne, konkubíny a hlavné konzuláty sultána a izby boli prístupné prostredníctvom Galérie konkubínov mimo hlavnej brány. Mnoho z týchto žien prišlo ako dary alebo nákupy z otrokárskeho trhu, keď boli mladými dievčatami, a podobne ako ostatní služobníci paláca nasledovali meritokraciu. Pri prijímaní miezd a výcviku sa zaviazali buď sa stať manželkou na jednej zo stránok, alebo konkubínou pre sultána. Ak sa rozhodne stať konkubínou, mohla by mladá žena vstúpiť do radov a dostať lepšie ubytovanie, v podstate tak, keby porodila sultána dieťaťu. Keby bolo dieťa mužom, ktorý vystúpil na trón, konkubína by potom zaujala najmocnejšiu pozíciu harému ako kráľovná matka. Väčšina dievčat z háremu však bola prepustená vo veku 16 alebo 17 rokov a po ich tréningu bola vydatá.